华蓥境域古属梁州地,春秋战国时期为巴国属地,秦朝首立郡县制后,市境隶属随朝代更迭和政区建置调整数度变更,所属政区名亦屡有变更。其间,秦朝至隋末唐初,市境先后分属巴郡、巴西郡及宕渠郡,为褺江县、宕渠县、安汉县分治。
唐朝市境分属果州(南充郡)岳池县、渠州(潾山郡)渠江县,合州石镜县所治。
宋时市境为广安军(宁西军)岳池县、渠江县,合州石照县分治。
元朝市境分属广安府岳池县、渠江县,合州石照县。
明代市境分别为广安州、岳池县及合州所辖。
清代市境分属广安州、岳池县、合州、江北厅管辖。
清宣统三年(1911),革命党人攻占广安等地,建大汉蜀北军政府,市境归其管辖。
中华民国元年(1912)至民国24年(1935),四川军阀混战,市境先后为川、陕、黔各路军阀割据管辖。民国24年(1935)后,川政统一,市境归四川省第十行政督察区和第十一行政督察区,仍分属广安、岳池2县管辖。至中华民国38年(1949),市境分属广安、岳池、合川3县管辖。
中华人民共和国成立之初,市境隶属沿袭不变。1952年,合川县庆合乡12个村成建制划归岳池县。至1978年,境域分属广安、岳池2县管辖。
1964年,华蓥山中段被国家选定为“三线建设”工业基地。1965—1978年,沿华蓥山中段西麓北起禄市镇,南至溪口镇不足100平方千米的狭长地带,先后建起6个国有军工企业、2个省属军工企业及一批原煤、水泥生产企业。至1978年初,此区域发展成为国家三线建设光学仪器、机械加工工业基地和川东北能源建材基地。为探索工农结合、城乡结合、厂社结合发展途经,促进区域经济社会发展,1978年3月9日,中共南充地委向中共四川省委、四川省革命委员会呈报《关于建立中共华蓥工农示范区委员会、华蓥工农示范区革命委员会的报告》。4月8日,中共四川省委、四川省革命委员会批准筹建。6月1日,中共南充地委、南充地区行政公署成立华蓥工农示范区筹建处。11月10日,经中共四川省委和四川省革命委员会批准,析广安县9个人民公社、岳池县7个人民公社和1个镇,设立县级行政区——华蓥工农示范区,成立中共华蓥工农示范区委员会和华蓥工农示范区革命委员会,隶属南充地区行政公署管辖,区委、区革委驻双河场。
1979年10月5日,经国务院批准,改华蓥工农示范区为华云工农区,建制及行政区划不变。
1985年2月4日,国务院批复撤销华云工农区,建立县级华蓥市,辖原华云工农区行政区域,归省政府直管,委托南充地区行政公署代管。市委、市政府驻双河镇。
1993年7月2日,华蓥市划归广安地区,由省政府直管,委托广安地区行政公署代管。
1998年7月31日,国务院批准撤销广安地区,设立地级广安市,华蓥市建制、行政区划及驻地不变,由广安市政府代管。2005年,市委、市政府驻双河街道办事处。